В 1963 году его переводят под начало Диброва Порфирия Афанасьевича, первого уральского селекционера, в авторском активе которого уже были уральские сорта яблони и груши. Начался долгий и трудный путь Леонида Андриановича в селекции плодовых культур. Путь плодовода-исследователя, путь селекционера, воплотившего в жизнь, подтвердившего своими достижениями провидческое высказывание самого И.В. Мичурина начала 30-ых годов прошлого столетия: «Категорически утверждаю полную возможность ведения промышленного садоводства на Урале, но при условии выводки своих местных сортов плодовых растений из семян». Вместе с Учителем начинающему селекционеру довелось проработать всего лишь три года – в 1965 году Порфирия Афанасьевича не стало.
С начала своей селекционной деятельности Леонид Андриянович занимался интродукцией лучших сортов семечковых культур. Им проведено многолетнее испытание огромных коллекций отечественных, местных и зарубежных сортов (1400 сортообразцов) и многих тысяч гибридных сеянцев яблони и груши селекции Станции. Как результат этого, в 1974 г. Котовым Л.А. разработана систематическая классификация сортов яблони на Среднем Урале.
Уже в 60-е годы начал опыты по разработке приемов ускорения селекционного процесса (мутагенез, полиплоидия, клоновая селекция, чужеродная пыльца, карликовые подвои, взрослые штамбообразователи, тщательный подбор исходных пар для гибридизации с использованием мировых коллекций ВИР, большое разнообразие комбинаций скрещивания), обеспечивших получение в сокращенные сроки регулярное пополнение богатейшего гибридного фонда и создание, впоследствии, качественно новых сортов яблони и груши. Наиболее результативной в селекции на улучшение качества плодов яблони и груши была и является межсортовая гибридизация с использованием пыльцы географически отдаленных сортов. Были установлены тесные рабочие и творческие контакты с селекционерами Юга и Средней полосы.
Ежегодно использовалась пыльца, присылаемая коллегами из Майкопской опытной станции ВИР, ВНИИСПК (г. Орел), ВСТИСП (г.Москва), ЦГЛ и ВНИИС им. Мичурина (Мичуринск), Млиевской, Краснокутской, Донецкой, Мелитопольской опытных станций (Украина), Кишиневского института плодоводства, Волгоградской, Севастопольской и Крымской опытных станций, Северо-Кавказского НИИ садоводства и виноградарства, Астраханского НИИСХа. На основе межсортовой гибридизации был создан гибридный фонд, богатейшее собрание гибридов самого разнообразного происхождения для отборов, селекционные формы которого совмещали желаемые признаки родительских форм.
С 1963 года, за 55 лет селекционной деятельности на Свердловской селекционной станции садоводства, Леонидом Андрияновичем создано множество сортов яблони и груши. Каждый из этих сортов на очередном историческом этапе развития уральского плодоводства (от полукультурок, к современным высококачественным сортам), являлся лучшим для своего времени по комплексу качеств, что делало их востребованными в уральском любительском и промышленном садоводстве. Вместе с тем, эти сорта были основой для дальнейшей работы по совершенствованию сортимента, как на Урале, так и в других, более благоприятных в климатическом отношении, регионах садоводства. В Мичуринском ГАУ В.И. Будаговским для холодных условий Средней полосы России были созданы клоновые (карликовые и полукарликовые) подвои для яблони. Л.А. Котов провел интродукцию, размножение и закладку карликовых садов в условиях морозных зим Среднего Урала. Эксперимент оправдал себя – теперь Свердловская ССС 50% своих саженцев выращивает на очень скороплодных урожайных не подмерзающих карликовых подвоях.
В рамках творческого сотрудничества с научно-исследовательскими учреждениями страны проводилась взаимная работа по испытанию селекционных сеянцев. Яркий пример такого взаимодействия – получение через испытание на Урале селекционных форм груши селекции ЦГЛ им. И.В.Мичурина (впоследствии ВНИИГиСПР) нового сорта Бере желтая. В наше время широкое распространение получил клон Бере желтой – сорт Береженая. А вот в результате изучения уральского селекционного материала груши в Саратовской области был совместно выведен сорт Свердловчанка и районирован по Нижневолжскому региону.
Селекционерами страны сорта Л.А. Котова используются в качестве исходных (родительских) форм в селекции на комплексную устойчивость к неблагоприятным биотическим и абиотическим факторам. Уральский генетический материал передан и включается в селекционный процесс коллегами в Забайкалье, Приморье, на Южном Урале, в Центральной Черноземной (Орел) и Нечерноземной (Москва) зонах, испытывается даже на Камчатке. За годы работы вместо мелкоплодных, посредственного вкуса полукультурок созданы новые зимостойкие крупноплодные сорта яблони, многие из которых по качеству плодов и срокам потребления конкурируют с лучшими сортами средней и даже южной полосы. Современные сорта отличаются и иммунитетом к наиболее распространенной и опасной болезни – парше. Новые сорта яблони не требуют многократных химических обработок, а значит, дают экологически чистую продукцию.
Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использованию РФ включено 18 сортов яблони. Проходят Государственное сортоиспытание 4 сорта яблони. На основе уссурийской дикой груши Л.А. Котову (и в соавторстве – основной автор) удалось создать ценнейшие зимостойкие сорта груши, по качеству плодов конкурирующие с южными сортами (Свердловчанка, Пермячка, Гвидон, Заречная, Добрянка, Береженая, Талица), которые включены в Государственный реестр селекционных достижений РФ. 6 сортов проходят Государственное сортоиспытание. С 2017 года принят в Государственное сортоиспытание единственный в России зимнего срока созревания сорт груши Султан. Сорта яблони и груши районированы в Волго-Вятском, Нижне- Волжском, Уральском, Западно-Сибирском, Восточно-Сибирском и Дальневосточном регионах.
Плоды яблони и груши уральских сортов обладают потребительскими качествами на уровне мировых стандартов. Их характеризуют крупноплодность, отличные вкусовые качества, зимостойкость, высокое содержание биологически активных веществ. Среди них – красноплодные и зеленоплодные сорта, сорта разных сроков созревания, обеспечивающие конвейер потребления от урожая до нового урожая. Созданы сорта, иммунные к парше. При необходимой для сурового климатического региона устойчивости к комплексу неблагоприятных факторов, сортимент такого уровня качества плодов является, безусловно, перспективным для широкого выращивания на Урале не только в любительском садоводстве.
В активе ученого — множество перспективных и элитных форм, сортов завтрашнего дня. Выведены элитные формы полиплоидных яблонь с тройным набором хромосом. Это направление в селекции позволяет сократить селекционный процесс, позволяет совмещать в ближайшем потомстве устойчивость и выносливость форм, близких к диким, и качество плодов современных сортов. Для озеленения городов и сел созданы 3 высокодекоративных сорта яблони — с шаровидной, с зонтичной формой кроны, с ярко-малиновыми и белыми цветками.
Основа основ селекционной работы – гибридный фонд. Богатейший растительный генетический материал, собранный и созданный им самим и его предшественниками, Леонид Андриянович мечтает исследовать на содержание биоактивных веществ для выявления рекордных по витаминности форм. Эту проблему могла бы решить биохимическая лаборатория, в которой в рабочем порядке, методично, по мере создания гибридного материала и велись бы отборы по признаку витаминности.
Талантливый ученый умело сочетает научную и педагогическую деятельность, являясь преподавателем в ФГБОУ ВО Уральский государственный аграрный университет. Леонид Андриянович поддерживает тесную связь с коллегами из других научных учреждений, сельскохозяйственными товаропроизводителями и многочисленными садоводами-любителями.
Имя Л.А. Котова занесено в книгу «Ученые садоводы России».